Ingénieure ou Ingénieur d’étude en microbiologie

Entité d’affectation

Laboratoire de biologie et pharmacologie appliquée (LBPA)

Le Laboratoire de biologie et pharmacologie appliquée (LBPA) est une unité mixte de recherche associant le CNRS et l'École Normale Supérieure Paris-Saclay. Situé sur le nouveau campus de l'ENS Paris-Saclay à Gif-sur-Yvette, au cœur de l'Université Paris-Saclay, le LBPA se consacre à la biologie fondamentale et intégrative, en mettant l'accent sur l'analyse des interactions entre biomolécules à des échelles moléculaires et cellulaires.

Mission

L’équipe Biologie des Systèmes Bactériens et Résistance aux Antibiotiques est une équipe récemment installée au LBPA. Elle combine microscopie quantitative, microfluidique, microbiologie moléculaire et modélisation mathématique pour comprendre comment les bactéries répondent à l’exposition aux antibiotiques. Nous nous concentrons principalement sur l’espèce Escherichia coli et sa réponse aux antibiotiques qui endommagent l’ADN.

Le ou la candidat·e sera impliqué·e dans un projet visant à mieux comprendre la réponse d'Escherichia coli à des doses sub-létales d’un antibiotique, la ciprofloxacine, qui provoque des cassures double-brin de l’ADN. Nous travaillons avec des souches d’E. coli commensales (K12) ainsi que des souches pathogènes responsables d’infections urinaires (uropathogènes, UPEC). Pour mieux appréhender la réponse à la ciprofloxacine, nous utilisons la microscopie à haute résolution afin de suivre en temps réel la réparation de l’ADN.

Nous avons démontré que l’efficacité de cette réparation dépend des conditions de croissance de la population bactérienne. Le ou la candidat·e testera l’efficacité de la réparation dans différents milieux de croissance simulant les conditions d’infection (par exemple, l’urine), en utilisant des tests classiques de microbiologie (par exemple, la mesure de la concentration minimale inhibitrice - CMI). Il ou elle sera également amené·e à observer la réparation de l’ADN par microscopie. En fonction de l’avancement du projet, il ou elle pourra aussi être impliqué·e dans des tests d’infection sur des lignées cellulaires adaptées.

Activités principales

• Cultures bactériennes d'Escherichia coli commensales et uropathogènes
• Construction de souches bactériennes utilisant des outils de « genome editing »
• Construction de plasmides, biologie moléculaire (e.g. qPCR), microscopie en fluorescence
• Culture cellulaire