Soutenance de thèse de Sandra Da Silva Amaral
Jury
- Rapporteur et examinateur : Jean-Christophe Paillart, Directeur de recherche, Université de Strasbourg
- Rapporteur et examinateur : Hugues de Rocquigny, Directeur de Recherche, Université de Tours
- Examinatrice : Carine Tisné, Directrice de recherche, Université Paris Cité
- Examinatrice : Nelly Morellet, Chargée de recherche, Université de Paris-Saclay
Encadrement
- Directeur de thèse : Philippe Fossé, Directeur de la Recherche, CNRS
Résumé
Titre : Rôle des tiges-boucles TAR et cTAR dans le premier transfert de brin du VIH
Le cycle du VIH-1 requiert le processus de transcription inverse permettant la synthèse d’un ADN double-brin à partir du génome viral constitué de deux copies d’ARN simple-brin de polarité positive servant alors de matrice. Deux événements, appelés transferts de brin terminaux, sont nécessaires à la réalisation de la transcription inverse et donnent lieu chacun à la synthèse d’un des deux brins d’ADN. Mes travaux de thèse sont focalisés sur le premier transfert de brin. Celui-ci se produit de l’extrémité 5’ vers l’extrémité 3’ de l’ARN génomique viral (ARNg) au niveau des séquences R dupliquées, et ce après la synthèse de l’ADN strong-stop (ADNss) par la transcriptase inverse (RT). L’ADNss étant une copie des régions R et U5 de l’extrémité 5’ de l’ARNg, il peut s’apparier avec la région R présente aussi en 3’ de l’ARN viral et permettre la synthèse du brin d’ADN de polarité négative. Les séquences des régions R forment deux tiges-boucles (cTAR et cpoly(A) dans l’ADNss, 3’TAR et 3’poly(A) dans l’ARNg). Ces structures doivent être ouvertes pour permettre l’hybridation entre les régions R de l’ADNss et de l’ARNg.
Plusieurs études in vitro suggèrent que la protéine de nucléocapside du VIH-1 (NC) est en partie responsable de l’ouverture de ces tiges-boucles et de leur appariement. Cette protéine est connue pour son activité chaperon des acides nucléiques et est impliquée dans plusieurs étapes du cycle viral. Les travaux étudiant le rôle de la NC sur la transcription inverse ont montré notamment in vitro que cette protéine facilite le premier transfert de brin et en se fixant préférentiellement au niveau de certaines guanines déstabilise les tiges-boucles TAR et cTAR. Cette déstabilisation par la NC est dépendante du nombre de paires de bases consécutives impliquées dans la tige-boucle.
Les travaux de thèse déterminent si ex vivo le premier transfert de brin dépend de la déstabilisation par la NC des tiges-boucles cTAR de l’ADNss et TAR de l’ARNg. Pour cela, différents types de mutations ont été conçues et introduites par mutagénèse dirigée dans les tiges-boucles afin d’empêcher leur déstabilisation par la NC et produire ainsi un effet négatif sur la transcription inverse. La réplication des virus mutés et plus précisément leur capacité à réaliser la transcription inverse de l’ARNg sont analysées et discutées.